กฎบัตรอาเซียน ซึ่งเปรียบเสมือนกฎหมายสูงสุดของอาเซียน ซึ่งมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ. 2551 เป็นเอกสารหลักที่กำหนดโครงสร้างองค์กรของอาเซียน ไว้ในหมวดที่ 4 ดังนี้
1) ที่ประชุมสุดยอดอาเซียน (ASEAN Summit) ประกอบด้วย ประมุขหรือหัวหน้ารัฐบาล มีอำนาจหน้าที่ในการกำหนดนโยบายสูงสุดและแนวทางความร่วมมือของอาเซียน และตัดสินใจในเรื่องสำคัญ โดยให้ประเทศสมาชิกซึ่งเป็นประธานอาเซียนเป็นเจ้าภาพจัดการประชุม 2 ครั้งต่อปี หรือเรียกประชุมพิเศษหรือเฉพาะกิจเมื่อมีความจำเป็น
2) คณะมนตรีประสานงานอาเซียน (ASEAN Coordinating Councils: ACCs) ประกอบด้วยรัฐมนตรีต่างประเทศของประเทศสมาชิกอาเซียน ทำหน้าที่เตรียมการประชุมสุดยอดอาเซียน ประสานงานความตกลงและข้อตัดสินใจของที่ประชุมสุดยอดอาเซียน ประสานงานระหว่าง 3 เสาหลัก ดูแลการดำเนินงานและกิจการต่างๆ ของอาเซียนในภาพรวม คณะมนตรีประสานงานอาเซียนจะมีการประชุมกันอย่างน้อย 2 ครั้งต่อปี
3) คณะมนตรีประชาคมอาเซียน (ASEAN Community Councils) คณะมนตรีประชาคมอาเซียนประกอบด้วย คณะมนตรีประชาคม 3 เสาหลัก อันได้แก่คณะมนตรีการเมืองและความมั่นคงอาเซียน คณะมนตรีประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน และคณะมนตรีประชาคมสังคมและวัฒนธรรมอาเซียน ซึ่งเป็นผู้แทนที่ประเทศสมาชิกแต่งตั้งให้เป็นผู้รับผิดชอบแต่ละเสาหลัก มีอำนาจหน้าที่ในการประสานงานและติดตามการทำงานตามนโยบาย โดยเสนอรายงานและข้อเสนอแนะต่อที่ประชุมผู้นำ มีการประชุมอย่างน้อยปีละ 2 ครั้ง ประธานการประชุมเป็นรัฐมนตรีที่เหมาะสมจากประเทศสมาชิกซึ่งเป็นประธานอาเซียน
4) องค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา (ASEAN Sectoral Ministerial Bodies) องค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา (เช่น ด้านสาธารณสุข ด้านกลาโหม ด้านการศึกษา ฯลฯ) ประกอบด้วยรัฐมนตรีเฉพาะสาขา มีหน้าที่ปฏิบัติตามข้อตกลงและข้อตัดสินใจของที่ประชุมสุดยอดอาเซียนที่อยู่ในขอบข่ายการดำเนินงานของตน และเสริมสร้างความร่วมมือในสาขาของแต่ละองค์กรให้เข้มแข็งขึ้น เพื่อสนับสนุนการรวมตัวของประชาคมอาเซียน
5) เลขาธิการอาเซียนและสำนักเลขาธิการอาเซียน (Secretary-General of ASEAN and ASEAN Secretariat) สำนักเลขาธิการอาเซียนได้จัดตั้งขึ้นตามข้อตกลงที่ลงนามโดยรัฐมนตรีต่างประเทศอาเซียนในระหว่างการประชุมสุดยอดอาเซียน ครั้งที่ 1 ในปี พ.ศ. 2519 เพื่อทำหน้าที่ประสานงานและดำเนินงานตามโครงการและกิจกรรมต่างๆ ของสมาคมอาเซียน และเป็นศูนย์กลางในการติดต่อระหว่างสมาคมอาเซียน คณะกรรมการ ตลอดจนสถาบันต่างๆ และรัฐบาลของประเทศสมาชิกสำนักเลขาธิการอาเซียนตั้งอยู่ที่ กรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย โดยมีหัวหน้าสำนักงาน เรียกว่า "เลขาธิการอาเซียน” (ASEAN Secretary-General) ซึ่งได้รับการแต่งตั้งโดยที่ประชุมสุดยอดอาเซียน โดยมีวาระการดำรงตำแหน่ง 5 ปี และต้องได้รับเลือกจากคนชาติของรัฐสมาชิก โดยหมุนเวียนตามลำดับตัวอักษร เลขาธิการสมาคมประชาชาติแห่งเอเชียตะวันออกเฉียงใต้หรืออาเซียน คนปัจจุบันคือ นายเลอ เลือง มินห์ จากประเทศเวียดนาม เป็นเลขาธิการอาเซียนคนที่ 13 โดยเริ่มดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2556 มีกำหนดครบวาระในวันที่ 31 ธันวาคมพ.ศ. 2560
รายนามเลขาธิการสมาคมประชาชาติแห่งเอเชียตะวันออกเฉียงใต้
| ลำดับที่ | ชื่อ | สัญชาติ | เริ่มวาระ | สิ้นสุดวาระ |
| 1. | H.R. Darsono | อินโดนีเซีย | 7 มิถุนายน พ.ศ. 2519 | พ.ศ. 2521 |
| 2. | Umarjadi Notowijono | อินโดนีเซีย | 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2521 | 30 มิถุนายน พ.ศ. 2521 |
| 3. | Datuk Ali Bin Abdullah | มาเลเซีย | 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2521 | พ.ศ. 2523 |
| 4. | Narciso G. Reyes | ฟิลิปปินส์ | 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2523 | 1 กรกฎาคมพ.ศ. 2525 |
| 5. | Chan Kai Yau | สิงคโปร์ | 18 กรกฎาคมพ.ศ. 2525 | 15 กรกฎาคมพ.ศ. 2527 |
| 6. | แผน วรรณเมธี | ไทย | 16 กรกฎาคมพ.ศ. 2527 | 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2529 |
| 7. | Roderick Yong | บรูไน | 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2529 | 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2532 |
| 8. | Rusli Noor | อินโดนีเซีย | 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2532 | 1 มกราคมพ.ศ. 2536 |
| 9. | Dao Ajit Singh | มาเลเซีย | 1 มกราคม พ.ศ. 2536 | 31 ธันวาคม พ.ศ. 2540 |
| 10. | Rodolfo C. Severino Jr. | ฟิลิปปินส์ | 1 มกราคม พ.ศ. 2541 | 31 ธันวาคม พ.ศ. 2545 |
| 11. | Ong Keng Yong | สิงคโปร์ | 1 มกราคม พ.ศ. 2546 | 31 ธันวาคมพ.ศ. 2550 |
| 12. | สุรินทร์ พิศสุวรรณ | ไทย | 1 มกราคม พ.ศ. 2551 | 31 ธันวาคมพ.ศ. 2555 |
| 13. | นายเลอ เลือง มินห์ | เวียดนาม | 1 มกราคม พ.ศ. 2556 | อยู่ในวาระ – พ.ศ. 2560 |
6) คณะกรรมการผู้แทนถาวรประจำอาเซียน (Committee of Permanent Representatives to ASEAN) คณะกรรมการผู้แทนถาวรประจำอาเซียน เป็นผู้แทนระดับเอกอัครราชทูตที่แต่งตั้งจากประเทศสมาชิกให้ประจำที่สำนักงานใหญ่อาเซียน กรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย มีหน้าที่สนับสนุนการทำงานของคณะมนตรีประชาคมอาเซียนและองค์กรระดับ รัฐมนตรีเฉพาะสาขา ประสานงานกับเลขาธิการสำนักงานอาเซียนและสำนักงานเลขาธิการอาเซียนในเรื่องที่เกี่ยวข้อง และประสานงานกับสำนักงานเลขาธิการอาเซียนแห่งชาติและองค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา
7) สำนักงานอาเซียนแห่งชาติ หรือกรมอาเซียน (ASEAN National Secretariat) เป็นหน่วยงานระดับกรมในกระทรวงการต่างประเทศของประเทศสมาชิกอาเซียน ซึ่งแต่ละประเทศได้จัดตั้งขึ้นเพื่อทำหน้าที่รับผิดชอบประสานงาน สนับสนุนภารกิจและความร่วมมือต่าง ๆ เกี่ยวกับอาเซียนในประเทศนั้น ๆ สำหรับประเทศไทยหน่วยงานที่รับผิดชอบ คือ กรมอาเซียน กระทรวงการต่างประเทศ
8) องค์กรสิทธิมนุษยชนอาเซียน (ASEAN Human Rights Body) เป็นองค์กรที่จัดตั้งขึ้นโดยความประสงค์และหลักการของกฎบัตรอาเซียนเกี่ยวกับการส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชนและเสรีภาพขั้นพื้นฐาน ซึ่งคณะทำงานและอำนาจหน้าที่จะได้กำหนดโดยที่ประชุมรัฐมนตรีต่างประเทศอาเซียนต่อไป
9) มูลนิธิอาเซียน (ASEAN Foundation) มูลนิธิอาเซียนสนับสนุนเลขาธิการอาเซียนและดำเนินการร่วมกับองค์กรของอาเซียนที่เกี่ยวข้องในการสนับสนุนการสร้างประชาคมอาเซียน โดยการส่งเสริมความสำนึกที่เพิ่มขึ้นเกี่ยวกับอัตลักษณ์ของอาเซียน การมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างประชาชน การดำเนินงานร่วมกันที่ใกล้ชิดระหว่างภาคธุรกิจ ภาคประชาสังคม นักวิชาการ และผู้มีส่วนได้เสียอื่นๆ ในอาเซียน