สำนักงานการปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรมดำเนินงานปฏิรูปที่ดินภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม (คปก.) ในส่วนราชการบริหารส่วนกลาง และในส่วนราชการบริหารส่วนภูมิภาค มีคณะกรรมการปฏิรูปที่ดินจังหวัด (คปจ.) กำกับดูแลการปฏิบัติงานของสำนักงานการปฏิรูปที่ดินจังหวัด (ส.ป.ก.จังหวัด)